home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00039 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  5.0 KB  |  99 lines
  1. *****************************************************************
  2. * DEAD and DEAH box families ATP-dependent helicases signatures *
  3. *****************************************************************
  4.  
  5. A number of eukaryotic and  prokaryotic proteins have been characterized [1,2,
  6. 3] on the basis of their structural similarity.   They all seem to be involved
  7. in ATP-dependent,  nucleic-acid  unwinding. Proteins currently known to belong
  8. to this family are:
  9.  
  10.  - Initiation factor eIF-4A. Found in mammals, this protein  is a subunit of a
  11.    high molecular weight complex involved in 5'cap recognition and the binding
  12.    of mRNA to ribosomes. It is an ATP-dependent RNA-helicase.
  13.  - TIF1/TIF2, two yeast genes coding for the yeast analogues of eIF-4A.
  14.  - PRP5  and PRP28. These yeast proteins are involved in various ATP-requiring
  15.    steps of the pre-mRNA splicing process.
  16.  - Pl10, a mouse protein expressed specifically during spermatogenesis.
  17.  - An3, a Xenopus putative RNA helicase, closely related to Pl10.
  18.  - Spp81/DED1 and DBP1, two  yeast  proteins  probably  involved  in  pre-mRNA
  19.    splicing and related to Pl10.
  20.  - Caenorhabditis elegans helicase glh-1.
  21.  - Caenorhabditis elegans hypothetical proteins T26G10.1, ZK512.2 and ZK686.2.
  22.  - MSS116, a yeast protein required for mitochondrial splicing.
  23.  - SPB4, a yeast protein involved in the maturation of 25S ribosomal RNA.
  24.  - p68, a human nuclear antigen. p68 has ATPase and DNA-helicase activities in
  25.    vitro. It is involved in cell growth and division.
  26.  - Rm62, a Drosophila putative RNA helicase related to p68.
  27.  - DBP2, a yeast protein related to p68.
  28.  - DRS1, a yeast protein involved in ribosome assembly.
  29.  - Vasa, a Drosophila protein important for oocyte formation and specification
  30.    of of embryonic posterior structures.
  31.  - Me31B, a Drosophila maternally expressed protein of unknown function.
  32.  - dbpA, an Escherichia coli putative RNA helicase.
  33.  - deaD, an Escherichia coli  putative  RNA  helicase  which  can  suppress  a
  34.    mutation in the rpsB gene for ribosomal protein S2.
  35.  - rhlB, an Escherichia coli putative RNA helicase.
  36.  - srmB, an Escherichia coli protein that shows RNA-dependent ATPase activity.
  37.    It probably interacts with 23S ribosomal RNA.
  38.  
  39. All these proteins  share a number of conserved sequence motifs.  Some of them
  40. are specific  to  this  family  while  others  are shared by other ATP-binding
  41. proteins or  by  proteins belonging to the helicases `superfamily' [4]. One of
  42. these motifs,  called the 'D-E-A-D-box', represents a special version of the B
  43. motif of ATP-binding proteins.
  44.  
  45. Some other proteins belong to a subfamily which have His instead of the second
  46. Asp and are thus said to be `D-E-A-H-box' proteins [3,5,6]. Proteins currently
  47. known to belong to this subfamily are:
  48.  
  49.  - PRP2, PRP16 and PRP22.  These  yeast  proteins are all involved in various
  50.    ATP-requiring steps of the pre-mRNA splicing process.
  51.  - Fission yeast prh1, which my be involved in pre-mRNA splicing.
  52.  - Male-less (mle),  a   Drosophila  protein  required in  males,  for  dosage
  53.    compensation of X chromosome linked genes.
  54.  - RAD3 from yeast. RAD3 is a DNA  helicase involved in excision repair of DNA
  55.    damaged by   UV light,  bulky adducts  or  cross-linking  agents.   Fission
  56.    yeast RAD15 (rhp3)  and mammalian  DNA excision repair protein XPD (ERCC-2)
  57.    are the homologs of RAD3.
  58.  - Yeast CHL1 (or CTF1), which  is important  for  chromosome transmission and
  59.    normal cell cycle progression in G(2)/M.
  60.  - Yeast TPS1.
  61.  - Yeast hypothetical proteins YKL078w.
  62.  - Caenorhabditis elegans hypothetical proteins C06E1.10 and K03H1.2.
  63.  - Poxviruses' early transcription  factor 70 Kd subunit  which  acts with RNA
  64.    polymerase to initiate transcription from early gene promoters.
  65.  - I8, a putative vaccinia virus helicase.
  66.  
  67. We have developed signature patterns for both subfamilies.
  68.  
  69. -Consensus pattern: [LIVM](2)-D-E-A-D-[RKEN]-x-[LIVMFYGSTN]
  70. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  71. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: Scherffelia dubia caltractin.
  72.  
  73. -Consensus pattern: [GSAH]-x-[LIVMF](3)-D-E-[ALIV]-H-[NECR]
  74. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  75. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: Sulfolobus  solfataricus  trpG  and
  76.  Bacillus subtilis levR.
  77.  
  78. -Note: proteins  belonging  to  this  family  also  contain a copy of the ATP-
  79.  binding motif A (see the relevant section).
  80.  
  81. -Expert(s) to contact by email: Linder P.
  82.                                 linder@urz.unibas.ch
  83.  
  84. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  85.  
  86. [ 1] Schmid S.R., Linder P.
  87.      Mol. Microbiol. 6:283-292(1992).
  88. [ 2] Linder P., Lasko P., Ashburner M., Leroy P., Nielsen P.J., Nishi K.,
  89.      Schnier J., Slonimski P.P.
  90.      Nature 337:121-122(1989).
  91. [ 3] Wassarman D.A., Steitz J.A.
  92.      Nature 349:463-464(1991).
  93. [ 4] Hodgman T.C.
  94.      Nature 333:22-23(1988) and Nature 333:578-578(1988) (Errata).
  95. [ 5] Harosh I., Deschavanne P.
  96.      Nucleic Acids Res. 19:6331-6331(1991).
  97. [ 6] Koonin E.V., Senkevich T.G.
  98.      J. Gen. Virol. 73:989-993(1992).
  99.